После Грязева Люберцы перешли к Ивану Михайловичу Милославскому, ближайшему сподвижнику царя Фёдора Алексеевича и одному из главных зачинщиков Стрелецкого бунта 1682 года. Пётр I, тогда ещё десятилетний мальчик, хорошо эту историю запомнил и спустя 15 лет, когда фамилия покойного уже боярина всплыла при расследовании покушения на царскую особу, отложил Великое посольство, чтобы огнём и мечом выжечь измену. Останки Милославского он велел доставить в Преображенское на свиньях и бросить под помост, где казнили осуждённых.

Имение боярина в итоге (по сложной цепочке) досталось следующему царскому фавориту — Александру Даниловичу Меншикову, которого государь звал своей правой рукой — «вороватой, но верной». Светлейший князь развернул нешуточное благоустройство: переименовал село в Новое Преображенское, с почтительным реверансом в сторону петровских игрищ на Яузе, пруд снабдил пристанью и собственной флотилией, разбил регулярный парк, где самодержец лично сажал липы (ни одна не сохранилась), и возвёл подобающий своему сану дворец. После смерти Петра, при его внуке, бывший фаворит впал в немилость и сгинул в Сибири. 

Среди прочих земель государству отошла и любимая княжеская подмосковная. Некоторое время она служила конным заводом, пока императрица Елизавета Петровна не спровадила туда наследника с супругой.

Принцесса София Фредерика Августа, она же великая княгиня Екатерина Алексеевна, рассказывала, что поначалу приходилось спать в кибитке, так как меншиковский дом совершенно развалился. Вообще она вспоминала новопреображенские месяцы с большой нежностью — была в том заслуга подмосковных красот или камергера Сергея Васильевича Салтыкова, с которым у будущей императрицы случился роман, сказать сложно (зато говаривали, что родившийся вскоре наследник престола Павел Петрович на самом деле — Салтыков).

Для восстановления имения вызвали модного архитектора Карла Бланка, автора усадьбы Кусково. Но толком обжиться под Москвой Екатерина не успела: дворцовый переворот водворил её на петербургский престол. Всё, что хоть как-то связывало её со свергнутым и убитым супругом, оказалось уничтожено.

Материалы с дворцовой стройки свезли в Воспитательный дом, затеянный ради неё кирпичный завод закрыли, расформировали даже зверинец, кое-как сохранившийся с меншиковских времён («оленей сибирских старых — 3, оленей молодых — 5, диких коз — 5, кабан, зайцы»). Имение забросили, парадное название его забыли, один только Василий Баженов вспомнил — велел ломать тут камень для Кремлёвского дворца. Крестьянские дворы тоже переживали не лучшие времена, к тому же в 1812 году половину села сожгли французы, а остатки разорили собственные войска: у Кутузова была тут военная ставка.

C середины XIX века Люберцы начинают развиваться — здесь проводят железную дорогу, а затем открывают фабрику вагонных тормозов

К 1862 году, когда на карте оставался только топоним «Люберцы», село наконец воспряло духом: здесь провели железную дорогу, и крестьяне выносили к первому поезду хлеб-соль «в изъявление своего удовольствия».

В 1899 году немецкий промышленник Карл Вейхельт решил запустить здесь завод паровых машин, но за два года разорился. Производство перекупили американцы, и в 1902 году в селе открылась фабрика вагонных тормозов «Нью-Йорк», давшая Люберцам первого социалистического героя — машиниста Алексея Ухтомского. В разгар революции 1905 года он возглавил стачечный комитет, потом спас паровоз с пассажирами от казачьего патруля, припустив с невероятной скоростью задним ходом, а в конце концов был расстрелян. Его именем две революции спустя наградили разросшийся завод — уже когда Люберцы из деревни произвели в полноценный город.

Роль второго местного героя отвели Юрию Гагарину, который провёл два года в ПТУ №10 за получением специальности «формовщик-литейщик». Меж тем к полётам, пусть и не космическим, послевоенные Люберцы тоже имели отношение: два действующих в окрестностях вертолётных завода, Камова и Миля, превратили городок в вертолётную столицу России. Об этом славном статусе Люберец по сей день напоминает боевой Ми-24, установленный на бетонном пьедестале посреди улицы Воинов-Интернационалистов.

В позднесоветские годы Люберцы оказались у всех на слуху по другому поводу: здесь была база культуристов-люберов. Накачанные парни в широких клетчатых штанах, кепках и значках с Лениным на кожанках — члены спортивного клуба «Любер» — поначалу собирались в песчаных карьерах неподалёку от города, но потом начали совершать регулярные рейды в Москву: бороться с рокерами, панками, брейкерами и металлистами, «позорившими советский образ жизни». Парней били, а длинноволосых ещё и стригли, девчонок задирали. Любера были грозой всей Москвы — и одновременно влиятельной молодёжной модой. Эту эстетику увековечила созданная в 1989 году группа «Любэ».

Теперь, впрочем, в Люберцах вполне мирно: сюда почти дотянулась фиолетовая ветка метро, а поборники спортивного образа жизни тренируются в благоустроенном дворце спорта.